מזכיר הממשלה עו"ד יצחק הרצוג נחקר היום לראשונה במשטרה בפרשת העמותות בבחירות 99'. החקירה התקיימה במטה הארצי של המשטרה בירושלים וערכה מספר שעות. מהמשטרה נמסר כי הרצוג נחקר בחשד לעבירות על חוק מימון המפלגות. עוד נמסר כי הרצוג הציג לחוקרים בצורה ארוכה ומפורטת את עמדתו בפרשה שלפיה אין מקום בשלב הזה לקיום חקירת משטרה בפרשה עד שהיועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין יחליט בסוגיות המשפטיות הכרוכות בה.
כזכור בחודשים שלפני הבחירות התייחס רובינשטיין במספר מכתבים שהעביר למפלגות השונות ובין היתר לישראל אחת, מכתבים שפורסמו, ומהם השתמע כי פעילות העמותות איננה בעייתית מבחינה חוקית. הרצוג התייחס בדבריו למכתביו של רובינשטיין וטען כי על היועץ המשפטי להכריע בסוגיות המשפטיות העומדות מאחורי הפרשה.
מעבר לכך סירב עו"ד הרצוג להשיב לשאלות החוקרים. במשטרה הדגישו כי חקירת פרשת העמותות נפתחה בהנחית היועץ המשפטי לממשלה. בדו"ח מבקר המדינה שהביא לפתיחת חקירת המשטרה נטען כי הרצוג היה אחד המעורבים העיקריים בהקמת והפעלת העמותות שפעלו לבחירתו של אהוד ברק לראשות הממשלה על פי הדו"ח היה הרצוג אחראי על העברת סכומי כסף גדולים למימון פעילות העמותות . עיקר הכסף למימון העמותות הועבר על פי חשד מחשבונות קרן קמיליה הבינלאומית שהרצוג ניהל את חשבונותיה.