אגודת אדם טבע ודין והחברה להגנת הטבע פנו לבית המשפט העליון, בדרישה לקיים דיון חוזר בהחלטתו לבטל פסק דין של בית המשפט המחוזי, שהחליט לעצור את בניית מחלף אלנבי בחיפה.
לטענת אט"ד והחברה להגנת הטבע, הגשר מוקם בנקודה הקרובה ביותר לים, דבר שיגרום לפגיעה קשה בערך נופי שאינו קיים בשום מקום אחר בארץ, כאשר כל תועלתו של הגשר הוא בביטול רמזור אחד בלבד.
הדיון החוזר נדרש, לאחר שבית המשפט העליון, ברשות השופטת דורית בייניש, ביטל פסק דין של בית המשפט המחוזי בחיפה (בעת"מ 398/01), שקבע שיש לעצור את העבודות. לטענת בית המשפט העליון, העירייה השקיעה כבר כ-50 מיליון שקל בהקמת הגשר, מתוך עלות של 60 מיליון שקל, ולכן מחייב האינטרס הציבורי את השלמתו. עוד קבע בית המשפט, שהערר על הקמת הגשר הוגש באיחור, ולכן נגרם שיהוי רב.
לטענת אט"ד והחברה להגנת הטב"ע, בפסק הדין נקבע שהתוכנית מעולם לא אושרה במסגרת תוכנית בת תוקף, היא סותרת את תכנית המיתאר ארצית (תמ"א 13), וגם פוגעת בזכות ההתנגדות, אך למרות זאת, הוחלט לאפשר את העבודה.