שבוע לאחר הפיכתה לחברה - רכבת ישראל לא משלמת לספקים, לחברות תשתית ולספקים מחו"ל, עבור עבודות וציוד בהיקף של 150 מיליון שקל. נודע, כי הרכבת אינה יכולה לעמוד בדרישות התשלום החל מחודש מאי. מדובר בחובות לחברות התשתית המקומיות רמט, סולל בונה, אשטרום, מי ערד, ועבור ספקים מחו"ל שסיפקו פסים וציוד רכבתי.
לרכבת הגיעו בשבועות האחרונים עשרות תלונות ודרישות תשלום חוזרות מצד קבלנים וספקים. ברכבת מאשימים את האוצר, שמעכב את החתימה על הסכם הסובסידיה, להעברת כ-115 מיליון שקל וחתימה על הסכם המימון, ומפקפקים ברצינות ההצהרות להעמיד לרשות הרכבת 20 מיליארד שקל לתוכנית פיתוח מסילה לשש השנים הבאות. בכיר ברכבת אומר: "האוצר מושך אותנו באף ומעכב את הפעילות של הרכבת".
מעבר לבעיה הפיננסית בתשלום לספקים, מתמודדת הרכבת גם עם ההחלטה להחליף את המנכ"ל יוסי שניר. כזכור הודיע לשניר בשבוע שעבר יו"ר דירקטוריון חברת הרכבת, משה ליאון, כי בכוונתו לסיים את כהונתו. שניר החל את כהונתו בדצמבר 2001, לקדנציה של 5 שנים.
שינוי מעמדה של הרכבת לחברה עצמאית חייב החתמת העובדים על חוזים חדשים, דבר שאפשר לשר התחבורה אביגדור ליברמן ולליאון לנצל את המצב ולהחליף את שניר. בין השמות שהועלו להחליפו: ירון זליכה מחברת דרך ארץ ויעקב אדרי ממוריה, החברה לפיתוח ירושלים. נודע כי גם שמו של יאיר מעיין, מקורבו של ליברמן ומנכ"ל משרד התשתיות לשעבר, עלה כמועמד אך ירד. ברכבת מודאגים מחילוף המנכל"ים, וגורם בכיר אומר: "זה זעזוע גדול. גם אם יבוא המנכ"ל המוכשר והמקצועי ביותר, יש חשש ממשי לעיכוב בביצוע פרויקטים, וזאת בשל מורכבות העבודה ותהליך הלמידה הארוך. הרכבת עומדת בפני הזדמנות חד פעמית שניתנה לה, לפיתוח תשתית מסילתית רחבה, ונראה כי בשל שיקולים פוליטיים ישראל עשויה לפספס את ההזדמנות נדירה לפיתוח שיחבר את כל הארץ למסילה. שניר, על אף הביקורת שהושמעה עליו, הזניק את הרכבת כפי אף אחד לא עשה לפניו".
סיבה נוספת לדאגה במסדרונות הרכבת היא חשש מפיטורי בכירים נוספים, ובעיקר אנשים שהגיעו בתקופתו של שניר.
הפיכת הרכבת לחברה ממשלתית עצמאית היא יוזמה שקידם שניר מאז כניסתו לתפקיד. הליך זה כלל, בין היתר, חקיקה, חתימה על הסכם עם העובדים על תנאי השכר, חתימה על הסדרי הנכסים מול המינהל, הסכם סובסידיה ומימון מול האוצר, ופיתוח תוכנית עבודה רב שנתית. בכיר במשרד התחבורה אמר ל"גלובס" עם היוודע על הדחתו של שניר: "מנכ"ל בשירות הציבורי זה ג'וב מוסכן, אין לזה תעודת ביטוח, ואין לזה קשר לכישורים ויכולות".
השמועות על הכוונה לסיים את כהונתו של שניר מהתפקיד החלו מיד עם כניסתו של ליברמן למשרד התחבורה, אך לשכת ליברמן מיהרה להכחיש. שניר, בראיון ל"גלובס נדל"ן" שפורסם בחודש מאי, אמר אז: "אני איש מקצוע, אני מינוי מקצועי של אישיות פוליטית, יש לי המון עבודה ברכבת, אני מבחינתי נשאר פה לפחות עד סוף העשור, שתי קדנציות".
בלשכת השר עדיין מכחישים את מעורבות השר בקבלת ההחלטה לסיום תפקידו של שניר. מקורב לשניר אומר: "התנהלותם של ליברמן וליאון היא גסות רוח. המניעים ברורים - למנות איש מטעמם. זוהי התערבות פוליטית שלצערי מקובלת במגזר הציבורי בישראל. התנהלות כזו ברוב המקרים משרתת אינטרסים פוליטיים, בניגוד להמלצות מקצועיות ולמטרות לאומיות".