בבית החולים איכילוב בתל-אביב, השתכרו שלושה רופאים שעבדו בתאגיד הבריאות מעל מיליון שקל בשנה כל אחד, וזאת בנוסף למשכורות החודשית שלהם הנעה סביב 50 אלף שקל בחודש. כך נמצא בבדיקת רואי חשבון שנעשתה בתאגידי הבריאות לשנים 1999-2000. מאז לא בוצעו בדיקות נוספות ולא נבדק אם הליקויים שנמצאו אכן תוקנו, עקב התנגדות כמה ממנהלי בתי החולים, ובראשם פרופ' גבי ברבש, מנכ"ל איכילוב.
בבתי חולים אחרים, ובכללם בית החולים בנהריה, נמצא, כי רופאים שהועסקו בתאגיד הבריאות הכפילו ויותר את שכרם החודשי. בכמה בתי חולים נמצא, כי רופאים קיבלו שכר נוסף מתאגיד הבריאות עבור עבודה שעשו בשעות היום, כלומר לא בשעות הפעילות של התאגיד.
עוד נמצא, כי לתאגידי הבריאות יש הכנסות משמעותיות ממקרקעין. למרות שהנדל"ן - החניונים בשטח בית החולים, החנויות והפעילות המסחרית - הם בבעלות בית החולים, ההכנסות מדמי השכירות עוברים לתאגיד הבריאות, ותקציב בית החולים חסר אותם. עוד נמצא, כי תאגידי הבריאות אינם משלמים עבור השימוש בתרופות, מוצרי רפואה וחומרים מתכלים, השייכים לבית החולים.
הבדיקה לשנים 1999-2000 היתה הבדיקה היחידה שמשרד האוצר הצליח לבצע. לבדיקה אז גוייסו מספר רואי חשבון, ביניהם בועז גזית, קובי נבון, קובי גינזבורג, חגית ג'ורגי'י ואחרים, שהתבקשו לבצע בדיקות בכל אחד מבתי החולים המפעילים תאגיד בריאות.
לפני מספר חודשים הודיע משרד האוצר על כוונתו לשלוח רואי חשבון לבדוק האם תוקנו הליקויים שנמצאו באותה בדיקה, והאם יושמו כל התקנות החדשות שהתקבלו בשנת 2000. חלק מבתי החולים הודיעו לאוצר ולמשרד הבריאות שהם מתנגדים לבדיקה, בכללם הנהלת איכילוב והנהלת בית החולים ברזילי באשקלון.