שפיר הנדסה זכתה במכרז של רכבת ישראל להקמת תחנת הרכבת מודיעין מרכז בהיקף של 155 מיליון שקל. שפיר גברה על שאר המתמודדות, ביניהן רמט, סולל בונה, א. ארנסון בשל הצעתה הזולה יחסית. אומדן הרכבת עמד על 130 מיליון שקל (לא כולל מע"מ).
מדובר בעבודה להקמת רכבת תת קרקעית במרכז העיר מודיעין. התחנה אמורה לשרת את מסילת הרכבת בקו ת"א-ירושלים דרך מודיעין. בקטע יופעלו ארבע תחנות: תחנה בנתב"ג, תחנת דניאל (שתשמש תחנת מעבר לנוסעים לירושלים) תחנת פאתי מודיעין ותחנת מודיעין מרכז.
משך הביצוע שנקבע הוא 20 חודש. הרכבת ושפיר טרם חתמו על החוזה, היות שחסרה חתימה על תוכנית הפיתוח של חברת הרכבת. תחנת הרכבת תכלול בעתיד הכשרת השטח העילי להקמת בניין משרדים.
הרכבת צפויה לפרסם מכרז לתחנת פאתי מודיעין ליד מחלף ענבה בעלות של 25 מיליון שקל. תחנה זו, בניגוד לתחנת מודיעין מרכז, תכלול מגרש חנייה של 1,000 מקומות. עלות פרויקט מודיעין-ת"א, שצפוי להסתיים בנובמבר 2005, 1.185 מיליארד שקל.