עוזי נתנאל, דירקטור בבתי הזיקוק, ימונה ליו"ר זמני של החברה, עד למינוי מנכ"ל משרד האוצר היוצא, אוהד מראני, ליו"ר הקבוע ב-29 בפברואר 2004. כך החליט שר התשתיות, יוסף פריצקי. המינוי הזמני טעון את אישור שר האוצר, בנימין נתניהו.
נתנאל מכהן כדירקטור בבתי הזיקוק מ-1998. הוא אחד הדירקטורים הוותיקים, ובעבר מילא שורה של תפקידים בכירים בקופ"ח מכבי, הפניקס, פרוטרום ובנק דיסקונט. מראני יוכל להתחיל לכהן בתפקיד רק בעוד ארבעה חודשים בגלל תקופת צינון שהטילה עליו הוועדה הציבורית.
נודע, כי פריצקי החליט שלא להמתין עד למינויו של מראני ולהחליף את היו"ר הזמני הנוכחי של בתי הזיקוק, יוסי רוזן, על מנת להפסיק את שליטתה בפועל של החברה לישראל בבתי הזיקוק, למרות שהיא רק בעלת מניות המיעוט. הממשלה מחזיקה ב-74% ממניות בתי הזיקוק, ואילו החברה לישראל מחזיקה 26%.
מאז מארס השנה מכהן רוזן כיו"ר זמני, וזאת אחרי שלא הוארכה כהונתו של היו"ר הקבוע הקודם, עובדיה עלי. מאז לא הצליחו פריצקי ונתניהו להגיע להסכמה לגבי מינוי היו"ר הקבוע. רוזן המשיך לכהן כיו"ר זמני, למרות המחלוקות הקשות שיש בין המדינה לבין החברה לישראל לגבי עתיד בתי הזיקוק. המחלוקת היא לגבי החלטתה של החברה לישראל לממש את האופציה למכור את מניותיה למדינה.