במשך שנים ניהלה יפעת את עסקי המידע שלה ללא מפריע. הדימוי של גזירת קטעים מהעיתון היה תמים, כמעט ירחמיאלי. אבל בתחילת 1990 נולדה פרשת הארץ-יפעת, ששיבשה את מהלכי משפחת בגס וסיבכה אותה משפטית. מאידך, הפרשה הזו גם העצימה את הקבוצה וקיבעה את מעמדה כגורם כמעט יחיד בשטח.
תחילת הפרשה בתביעה שהגיש מו"ל הארץ עמוס שוקן נגד יפעת, בטענה שצילום קטעי העיתונים שבבעלותו ושליחתם ללקוחות החברה מהווה הפרת זכויות יוצרים. לא עמדה ליפעת הטענה שהארץ לא תבעו אותם במשך כל השנים הללו.
שוקן טען, כי נודע לו על הפרת זכויותיו רק כמה חודשים קודם לכן, בפגישה עם מנכ"ל גלובס חיים בראון. בית-המשפט קיבל את גרסתו, וזאת למרות שאחת מחברותיו נהנתה משירותי יפעת במשך מספר שנים והמנוי שוקן היה הנמען של קטעי עיתונות שבהם אוזכר הסופר ש"י עגנון, נכס מניב שהיה בבעלות משפחת שוקן שנים ארוכות.
טענת הארץ היתה כי ברגע שיפעת קונה עיתון בודד, מצלמת אותו עוד ועוד ומעבירה ללקוחותיה, היא כאילו פתחה עיתון מתחרה. שש שנים ניצבו עו"ד יורם מושקט מצד עיתון הארץ ועו"ד דב ויסגלס מצד יפעת בהתדיינות משפטית. הארץ השיג צו מניעה שאסר על יפעת לעשות שימוש בעיתון, גזירה שקרלוס בגס כנראה לא יכול היה לעמוד בה. הוא הפר את הצו, נידון על ביזיון בית-המשפט, ונגזר עליו קנס כספי.
גבי בגס: "אני חושב שזכות חופש המידע גוברת על הקניין. עשית עליי כתבה, וזכותי לדעת מה כתבת. מאחר שאני לא יכול להגיע לאלף עיתונים, אני רוכש את הקטע. השופט חשב אחרת - שלהארץ, כיצירה ספרותית, יש זכויות יוצרים. לא ערערנו. התפשרנו עם העיתונים, אנחנו משלמים תמורת הרשות לשכפל ולהפיץ, ואנחנו משלמים הרבה".
עו"ד מושקט אומר שהיה ברור כי אין טעם במשחק השוטרים וגנבים האין-סופי הזה, וכי מוטב היה ללכת לעסקה עם יפעת. "הרי תמיד יהיה איזה חאפער, ועדיף שזה יהיה מוסדר בהסכם תמלוגים, כמו באקו"ם".
יפעת הציגה עצמה בכתב-ההגנה כמי שפעולתה היא "מיון הקטעים, גזירתם והדבקתם", כאילו עדיין מדובר בטכנולוגיה של שנות ה-70. הארץ ניסח בינתיים מכתבים לכמה גופים ממשלתיים, לקוחות של יפעת, תוך אזהרה שהם עושים שימוש לא-חוקי בחומר.
הבגסים חשו מאוימים, מול הלקוחות הציבוריים, מול הארץ וגם מול שאר העיתונים. הם החליטו לחתום על הסכם עם ידיעות אחרונות, שלפיו ישלמו לעיתון 40 אלף שקל מדי חודש. הסכום הזה יכתיב את ההסכם שתחתום יפעת מאוחר יותר עם הארץ וגם עם גלובס.
הנושא שב ועלה כעבור ארבע שנים, באוקטובר 2002. הארץ פנה לבית-המשפט בבקשה להוציא צו-מניעה, האוסר על יפעת לצלם ולשווק כתבות המתפרסמות בעיתון. טענת הארץ היתה שיפעת הפרה את ההסכם בין הצדדים, העלתה את עיתוני רשת שוקן על מחשביה, ומכרה את קטעי העיתונות 45 יום לאחר מועד הוצאתם, ולמעשה הפכה למעין ארכיון.
העיתון תבע מיפעת 5 מיליון שקל. יפעת השיבה בתביעת-נגד של 4.4 מיליון שקל, בטענה שהארץ מפר את ההסכם עמה, ותבעה, בין היתר, החזר של 3.5 מיליון שקל, הסכום המצטבר שהעבירה לו, לדבריה, מאז נחתם ביניהם ההסכם בנובמבר 1998. במרס 2004 הודיעו הצדדים כי הגיעו ביניהם להסכמה לדחיית התביעות ההדדיות.
"אנחנו לא מנהלים ארכיון של קטעי עיתונות, אבל משתמשים בדברים שפורסמו לצורך ניתוח פנימי", מסביר קרלוס בגס. "התביעה טענה שאנחנו מוכרים דברים מעבר ל-45 יום, שזה פרק-הזמן המותר לנו, ואנחנו טענו שלא. אבל היתה פאשלה במערכת שלנו. לא כל העובדים ידעו על כך. זה התחיל מדבר קטן, שלא עצרו אותו בזמן. הארץ גם שלחו מישהו שהזמין מאתנו חומר, ואותו עובד עשה את מה שעשה. טוב, לא כל דבר עובר דרך המנכ"ל. היום הדברים מסודרים, ויש הסכם בין הצדדים".