חוקרי היחידה הארצית לחקירות הונאה של המשטרה (יאח"ה), חקרו היום (א') באזהרה במשך 11 שעות את הרב האשכנזי הראשי לישראל, יונה מצגר, בחשד שקיבל טובות הנאה מבית המלון היוקרתי "מצודת דוד" (לשעבר "הילטון ממילא") בירושלים בחגים. מדובר בהטבות שהיקפן נאמד בעשרות אלפי שקלים. זו הפעם הראשונה בה נחקר רב ראשי תחת אזהרה. החקירה נערכה בלשכתו של הרב מצגר בירושלים, כפי שהנחה היועמ"ש.
מהמשטרה נמסר, כי הרב מצגר שיתף פעולה עם חוקריו וענה לשאלות שנשאל. במקביל, נחקרו כמה מעוזריו של הרב מצגר במשרדי היאח"ה בבת ים, ובהם ראש לשכתו, הרב מאיר רוזנטל ואחרים. רוזנטל אמר בעבר, כי לדעתו הכל היה תקין, אולם הוא נוטל על עצמו את האחריות למעשים לא תקינים שנעשו אם נעשו. "כל ענייני המשרד מתחילתם ועד סופם היו בידיי", אמר, לרבות הטיפול מול בית המלון. "הרב לא מתעסק בדברים האלה", הסביר.
לפני כחודשיים התיר היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, לפתוח בחקירה ראשונית של הפרשה, שנחשפה בערוץ 2, לאחר שההסברים הראשונים שניתנו ע"י הגורמים הרלוונטיים לא היו מספקים. מזוז התנה את חקירת הרב באישורו האישי. לאחר שחוקרי היאח"ה פשטו על משרדי הרבנות הראשית ועל בית המלון, שם אספו מסמכים שונים ובין היתר כאלה הקשורים להרגלי הלינה של הרבנים הראשיים לשעבר בבתי מלון, פנתה המשטרה בבקשה ליועמ"ש להתיר את חקירתו של מצגר. לאחר שעיין בחומר הראיות שנאסף עד כה, נתן מזוז "אור ירוק". בראיון לכתב העת "כותרת", רמז היועמ"ש כי היה על הרב להשעות עצמו עד לסיום החקירה.
על-פי החשד, במהלך חג הפסח האחרון (אפריל 2004), התארחו הרב מצגר ובני משפחתו בשני חדרים בבית המלון, אך הרב התבקש לשלם תשלום בסיסי בלבד עבור הסעודות במלון. הרב שילם תשלום חלקי עבור הארוחות, אולם עד היום לא שולם כל החוב. ברישומים של המלון, הוצגו חדרי משפחת מצגר כ"חינם", וצויין כי מנהל המלון בעצמו אישר את ההטבות. ברישומי ישיבת ההנהלה של המלון נכתב, כי "נוכחות הרב הראשי לישראל היוותה מקור מצויין ליחסי ציבור", וזו כנראה התמורה להטבות.
בתקופה שבה שהה הרב הראשי בבית המלון ובמהלך כל השנה, מימנה המדינה שכר דירה בגובה של 1,500 דולרים, בעבור דירה ששכר מצגר בשכונת רחביה בירושלים, למטרות שהייתו בבירה במהלך החגים. מצגר טוען מנגד, כי "חוזה הדירה ששכר ברחביה קובע, שבעל הדירה יכול לחזור לדירתו בחגים, ובמקרה כזה ייאלץ הרב לצאת מן הדירה".
פרקליטו של הרב, עו"ד ד"ר יעקב וינרוט, אמר ל"גלובס": "ממה שידוע לו, סבור הרב הראשי שאין בחקירה הזו כדי להעלות דבר וחצי דבר, שכן אין כמוהו לדעת שהוא מעולם לא ביקש ולא קיבל איזושהי הנחה במלון. הוא הורה לשלם תשלום מלא, ולכן הוא משוכנע שבסופו של יום החקירה הזו לא תעלה דבר, והוא ימסור למשטרה תשובות מלאות לכל השאלות שיישאל".
בעבר אמר וינרוט, כי "לשכת הרב הילכה בכל ענייני אירוח הרב הראשי בתלם חרוש ולא חידשה דבר. כל שנעשה היה על-פי הנהלים המקובלים מימים ימימה".
מצגר מונה לתפקיד בחודש אפריל 2003. כ-3 חודשים אחר כך, דחה בג"ץ עתירה שהגיש רו"ח יעקב ורקר נגד המינוי, שטען כי חשדות חמורים רבים נגד מצגר לא נחקרו, בתמורה להסכמתו שלא להתמודד על תפקיד הרב הראשי של תל-אביב ב-98'. בין היתר נטען, כי נגד מצגר הוגשו למשטרה "תלונות חמורות המבוססות היטב", בגין חשדות למעשי זיוף חוזרים ונשנים של חתימות עד על כתובות נישואין, דרישת שכר בגין עריכת חופות וקבלתו ללא מתן חשבוניות מס, התנהגות בלתי הולמת, איומים וסחיטה, ו"נושאים הקשורים לצנעת הפרט".
מצגר טען בתגובה, כי העותר הוזן בחצאי אמיתות, במסמכים חלקיים ובמידע מגמתי וכוזב שנמסר לו ישירות או בעקיפין מטעם גורמים רבניים שונים שהתנגדו לבחירתו. כן טען, כי רוב התלונות ממוחזרות משום שכבר נתבררו בעבר בפני שתי ועדות שימוע של מועצת הרבנות הראשית ובפני בית דין רבני מיוחד. בג"ץ דחה את העתירה וקבע, כי ברוב הטענות העובדתיות לא הניח העותר תשתית מספקת וחלקן האחר אינו מצדיק את התערבותו.