בית הדין למים דן בענייני מים בהרכב של שופט מקצועי שנתמנה ע"י שר המשפטים, ושני נציגי ציבור הנבחרים מפעם לפעם מתוך רשימה שנערכה ע"י שר התשתיות הלאומיות, לאחר התייעצות עם מועצת רשות המים ועם ארגונים של רשויות מקומיות. ניתן לערער על החלטותיהם של שר התשתיות הלאומיות, השר להגנת הסביבה ומנהל רשות המים, בפני בית הדין, בהתאם לכתוב בחוק.