יוני 1996
מינהל מקרקעי ישראל, בראשותו של עוזי וכסלר, חתם על הסכם עם חברת המלח, שעל-פיו תפנה החברה אלפי דונמים בעתלית ובאילת, שבהם בריכות מלח שלה. המינהל יקים על הקרקעות שכונות מגורים, ובתמורה יקצה לחברת המלח קרקע חלופית וכן 50% מזכויות הבנייה בשטחים שיפונו בעתלית ו-30% באילת, בסך-הכל בשווי של 80-90 מיליון דולר. המינהל התחייב לשלם את היטלי ההשבחה על שינוי הייעוד.
ספטמבר 1997
תעשיות מלח, ביחד עם קבוצת אריסון, רכשה 43% מהון המניות של בנק הפועלים, במסגרת הפרטת הבנק.
אפריל 2001
מבקר המדינה דאז, אליעזר גולדברג, מתח ביקורת חריפה על ההסכם בין המינהל ובין חברת המלח שבבעלות משפחת דנקנר. המבקר קבע כי הקצאת הקרקעות נעשתה שלא בהליכים המקובלים; וכי המינהל חתם על ההסכם ללא הערכת השווי הכספי של הקרקעות ושל הזכויות שתקבל קבוצת דנקנר.
המבקר קבע: "הדברים מצביעים על פגמים מהותיים בסדרי העבודה של הנהלת המינהל". המבקר קבע גם כי חובה היתה להביא את ההסכם לאישור מועצת מקרקעי ישראל - דבר שלא נעשה.
חודש לאחר מכן חשף כתב "גלובס" צביקה רובינס כי בספטמבר 1997 נטלה משפחת דנקנר הלוואה מבנק לאומי לצורך מימון הרכישה של מניות הפועלים. ההלוואה ניתנה בין היתר על סמך הערכות השווי של הקרקעות בעתלית ובאילת.
2002
בעקבות הביקורת החריפה של מבקר המדינה, גובש הסכם חדש בין המינהל לקבוצת דנקנר. בין היתר הוצאו מההסכם המקורי שטחים גדולים בעין עברונה שליד אילת, וכן בוטלה ההתחייבות להעמיד לחברת המלח קרקע חלופית. ההסכם המתוקן הועבר לאישור היועץ המשפטי לממשלה דאז, אליקים רובינשטיין.
יולי 2003
רובינשטיין מתח ביקורת על ההסכם החדש, וקבע כי חוות-הדעת של המינהל רצופה בסימני שאלה, בעיקר בסוגיית סיווג הקרקע (חקלאית/תעשייתית או עירונית), בשיעור ההטבות הגלום בעסקה, בהשלכות שיש להסכם על מקרים אחרים ועוד. רובינשטיין גם הנחה מפורשות להוציא מההסכם 225 דונם באזור אילת.
אוקטובר 2003
מועצת מקרקעי ישראל בראשותו של שר התמ"ת אהוד אולמרט אישרה את ההסכם המתוקן, למרות הסתייגויות היועמ"ש והתנגדות נחרצת מצד קק"ל.
מפרוטוקול הישיבה שבה אושר ההסכם עולה כי אולמרט תמך בהסכם ודחף לאישורו, וטען כי היוזמה להסכם הייתה של המינהל - ולא של דנקנר. "אני מדבר כי העניין הזה בוער בלבי. כפו את זה עליו", אמר אולמרט.
בתגובה פנתה התנועה לאיכות השלטון לבג"ץ, בטענה כי ההסכם בין דנקנר למינהל בנוגע לקרקעות המלח מנוגד לעיקרון הצדק החלוקתי ולעקרון השוויון. גם החברה להגנת הטבע עתרה לבג"ץ נגד ההסכם, בטענה כי הוא פוגע בטבע.
בג"ץ החליט לאסור זמנית את יישום ההסכם.
אוגוסט 2004
כתב "גלובס" איתי רום חשף כי בניגוד לטענת אולמרט, כבר באוקטובר 1994 שלח שמואל דנקנר מכתב למינהל בבקשה לשנות את ייעוד בריכות המלח באילת. מי שייצג אז את משפחת דנקנר היה אבי דרכסלר, לימים מנהל המינהל בעצמו.
עוד חשף רום כי כבר בסוף 1991 מכרו חברות המלח את זכויות החכירה שלהן ב-32 דונם משטחי בריכות המלח בעתלית ל-6 בעלי השליטה בחברה (אברהם, יצחק, דוד ושמואל דנקנר, ודוד ג'יניאו) - מתוך הנחה כי השטח הזה יהיה שווה בעתיד הרבה כסף.
2005
היועץ המשפטי לממשלה דאז, מני מזוז, אישר את ההסכם, לאחר שתוקנו בו, לטענתו, הפגמים העיקריים שמצא מבקר המדינה: בוטלה התחייבות המינהל להעמיד לרשות חברות המלח קרקע חלופית, בוטלה ההסכמה כי המינהל יישא בתשלום היטלי ההשבחה, ובוטלה תחולת ההסכם על 900 דונם בעין עברונה.
באשר לגובה הפיצוי, שתלוי בהגדרת הקרקע, קיבל מזוז את עמדתו של מנהל המינהל דאז יעקב אפרתי, שאמר כי חברות המלח זכו לפיצוי גבוה יותר מאשר היה מקובל לשלם עבור קרקע חקלאית, אך לא גבוה כפיצוי עבור קרקע עירונית.
מזוז קבע גם כי אולמרט, ששימש אז בתפקיד ממלא-מקום ראש הממשלה ושר האוצר, לא יוכל לחתום עליה גם כשר האוצר, שכן הוא שימש בתפקיד יו"ר מועצת מקרקעי ישראל בעת קבלת ההחלטה.
אפריל 2006
אהוד אולמרט, ממלא-מקום ראש הממשלה, חתם על החלטת מועצת מקרקעי ישראל המאשרת את הסכם בריכות המלח. בעקבות חשיפתו של כתב "גלובס" משה ליכטמן בעניין, הודיע אולמרט כעבור מספר שעות כי הוא מבטל את חתימתו ומעביר את הטיפול בעניין לשר האוצר הבא. בתגובה שמסר ל"גלובס" נאמר: "מדובר באי-הבנה לגבי עמדת היועץ המשפטי לממשלה".
מאי 2007
שרי אריסון רכשה ממשפחת דנקנר את השליטה בחברת תעשיות מלח, ודרכה את החזקותיהם בבנק הפועלים, כ-6%. בכך הפכה לבעלת השליטה היחידה בבנק הפועלים, ודני דנקנר מונה ליו"ר הבנק.
יוני 2009
דני דנקנר התפטר מתפקידו כיו"ר בנק הפועלים לאחר סכסוך חריף ורב-השמצות עם בנק ישראל. הסכסוך פרץ בעקבות דרישתם של נגיד בנק ישראל, סטנלי פישר, ושל המפקח על הבנקים, רוני חזקיהו, להעביר את דנקנר מתפקידו, על רקע מה שכינו "פגמים בממשל התאגידי בבנק הפועלים".
אפריל 2010
דני דנקנר ויעקב אפרתי, לשעבר מנהל המינהל, נעצרו על-ידי המשטרה בחשד כי דנקנר השתמש במאיר רבין, קרוב משפחתו של מנהל מינהל מקרקעי ישראל לשעבר, יעקב אפרתי, כדי להעביר לאפרתי מאות אלפי שקלים כדי שיקדם פרויקטים הקשורים למקרקעין של חברת תעשיות מלח. מעצרם של דנקנר ואפרתי הוארך אמש (ד') ב-5 ימים בבית משפט השלום בראשון-לציון.