גם לאחר מינוי הרמטכ"ל הבא - לא תמה פרשת "מסמך גלנט": הפרקליטות הודיעה כי בכוונתה להגיש כתב אישום נגד סא"ל (במיל') בועז הרפז בגין זיוף מסמך וניסיון להשפיע על תהליך מינוי הרמטכ"ל.
נציגי הפרקליטות הודיעו להרפז ולעורכי דינו כי הם יכולים לערער על ההחלטה להגיש כתב אישום בעקבות האירועים. ההחלטה להעמיד את הרפז לדין הגיעה בעקבות הפרטים שעלו מחקירתו במשטרה ומהראיות שהתגבשו בתיק.
בנוסף, הפרקליט הצבאי, בתיאום עם היועץ המשפטי לממשלה, קבע כי לא נמצאו ראיות לעבירות פליליות של אנשי הצבא שהיו מעורבים בפרשת המסמך. עם זאת בתום בדיקת מבקר המדינה בעניין, ייבחנו היועץ המשפטי לממשלה והפרקליט הצבאי הראשי היבטים נוספים חוץ מההיבט הפלילי בנוגע להתנהלות הפרשה.
בחודש אוקטובר האחרון המליצה המשטרה ליועץ המשפטי לממשלה להעמיד לדין את הרפז בפרשת "מסמך גלנט". בתום חקירת המשטרה בפרשה, החליט ראש אגף החקירות ניצב יואב סגלוביץ' להמליץ ליועץ המשפטי הממשלה להעמיד לדין את הרפז.
על-פי ממצאי החקירה, סא"ל הרפז פעל לבדו, מבלי שיסתייע באיש מגורמי הצבא או משרד הביטחון. הוא נימק זאת בכך שרצה לעכב את הליך מינויו של הרמטכ"ל החדש ובכך לגרום להאריך את תקופת כהונתו של גבי אשכנזי בתפקיד.
3 שבועות לאחר חשיפת פרשת "מסמך גלנט" בחדשות ערוץ 2 הודה סא"ל במיל' בועז הרפז כי הוא זה שזייף את המסמך שהסעיר את צמרת המערכת הביטחונית והפוליטית. במהלך חקירתו חזר בו קצין המילואים מגירסתו הראשונה.