חצי שנה אחרי שנשלח למאסר עולם, בית המשפט במצרים קיבל את ערעורו של נשיא מצרים לשעבר חוסני מובארק, והחליט לקיים משפט חדש בגין מעורבותו בהרג מפגינים בימי מהפכת הלוטוס בינואר 2011. משפט חוזר ייערך גם למי שכיהן בתפקיד שר הפנים באותה התקופה, חביב אל-עאדלי.
בחודשים האחרונים חלה הידרדרות נוספת במצבו של מובארק, והוא הועבר מספר פעמים לבית-החולים על מנת לקבל טיפול רפואי. בפעם האחרונה שזה קרה, העברתו מן הכלא בוצעה בעקבות מעידתו במקלחת ופציעתו בפלג גופו התחתון. ואולם, לכל אורך התקופה, ערעורו נידון בבית המשפט המצרי - והבוקר (א') הגיעה תשובתו של בית המשפט, לפיה יש לדון מחדש בהרשעתו ובעונש שהוטל עליו.
ב-2 ביוני 2012 ניתן גזר הדין של מובארק ושל אל-עאדלי. הנשיא המודח קיבל את גזר דינו קשה מאוד - ומצבו הבריאותי הידרדר. סוכנות הידיעות רויטרס דיווחה אז כי במסוק בדרך לכלא "טורה", אליו נשלח לאחר המשפט, הוא החל לסבול מ"משבר רפואי", וקיבל טיפול.
החלטת בית המשפט אז עוררה מהומה רבתי באולם בית המשפט ומחוצה לו. המונים התקוטטו ודרשו בשינוי חוקי העונשין במצרים, בעקבות ההחלטה הסלחנית כלפי הנאשמים. רבים זעקו באולם "מוות למובארק" ו"רוצים משפט שימחוק את המשטר הקודם".
מובארק בן ה-85 עמד לדין בגין מעילה בכספי ציבור, שחיתות והוראה להרוג מאות מפגינים במהלך העימותים בכיכר תחריר וברחבי מצרים כולה.