45 שנים לאחר היעלמותה של הצוללת דקר מפרסם ארכיון המדינה קובץ ובו 16 תעודות שעוסקות באירוע הטרגי הזה שהותיר את ישראל כואבת ותוהה על גורלה של הצוללת. התעודות כולן הן מאוספי ארכיון המדינה ובהן מברקים של משרד החוץ, שעוסקים בהיעלמותה של הצוללת ובחיפושים אחריה, ישיבות ממשלה שנחשפות לראשונה.
ב-25 בינואר 1968 נותק הקשר עם הצוללת שהייתה בהפלגת אימונים בדרכה לחיפה. ב-4 בפברואר הופסקו החיפושים אחריה וב-6 במרס הוכרזה הצוללת וצוותה כאבודים. ההשערות על נסיבות היעלמותה של ה"דקר" החלו להישמע כבר בסמוך למועד ניתוק הקשר עמה.
ב-26 בינואר דיווח הציר שלמה ארגוב משגרירות ישראל בוושינגטון שערוצי הרדיו והטלוויזיה בארצות הברית מסרו, בהתבסס על מקור בריטי, שהצוללת הישראלית נעלמה צפונית לאלכסנדריה ובכך רמזו לאפשרות שהייתה חבלה מכוונת על-ידי גורמים מצריים ולא תקלה טכנית.
באותו זמן הייתה מלחמת ההתשה בין ישראל למצרים בעיצומה. אולם ב-28 בינואר הודיעה ממשלת מצרים, ביוזמתה, כי לכוחות הים שלה אין קשר להיעלמות הצוללת "דקר". למרות הכרזת ממשלת מצרים, פורסמו בעיתונות המצרית סיפורים שונים על הטבעתה כביכול של הצוללת בידי הצי המצרי באזור אלכסנדריה. בעקבות פרסומים אלה הציע אברהם הרמן, השגריר בוושינגטון לפרסם מיד את המקום שבו נוצר הקשר האחרון עם הצוללת כדי להזים את השמועות לפיהן נעלמה ליד אלכסנדריה.
ב-25 בינואר החל מבצע חיפושים נרחב אחר הצוללת שבו נטלו חלק כוחות של צה"ל, חילות האוויר האמריקני והבריטי ואף הצבא היווני. ב-27 בינואר, הבחין מטוס של חיל האוויר הישראלי בכתם שמן ובאניה יוונית בסמוך לו. נציגות ישראל באתונה התבקשה לבדוק בדחיפות עם משרד הצי המסחרי היווני האם האנייה היא שגרמה לכתם השמן ואם לא - שיורו לה להפליג למקום הכתם כדי לבדוק מה מקורו.
שלטונות הצי היווני בדקו את הדבר ומסרו למחרת לנציגות ישראל באתונה שהאנייה היוונית אכן עברה בנתיב זה, אולם לא הבחינה בכל כתם שמן ולא פלטה בעצמה כל חומר שיכול היה לגרום לכתם.
מפקד המרכז לתיאום פעולות הצלה ביוון פירט בפני נציג ישראל באתונה ב-29 בינואר את הפעולות שעשו היוונים כדי לאתר את הצוללת וציין שהם עשו ככל יכולתם. בצד הסריקות והחיפושים שנעשו על-ידי גורמים מקצועיים הניבה היעלמות הצוללת גם ניסיונות איתור שמקורם בעולמות בלתי מציאותיים. כך למשל העבירה שגרירות ישראל בהאג למשרד הביטחון בישראל, הודעה שמשטרת האג הפנתה אליה "חוזה" הולנדי, שבעבר כבר הוכיח את עצמו באיתור צוללות אבודות.
הוא טען שאיתר את ה"דקר" מערבה לקפריסין ואף הוסיף שהיא מונחת על צידה על קרקעית הים לאחר שנפגעה מטורפדו. למשרד ראש הממשלה הגיעו מכתבים רבים מן הארץ ומחו"ל שהעלו השערות שונות ומגוונות לגבי גורלם של ה"דקר" ואנשי צוותה.
ב-28 בינואר בבוקר מסר שלמה אראל, מפקד חיל הים דיווח מפורט על היעלמותה של הצוללת בפני ועדת השרים לענייני בטחון. באותו יום, אחר הצהרים, בישיבת הממשלה, מסר את הפרטים שוב בפני שאר חברי הממשלה, שלא נכחו בדיון הבוקר. בישיבה תיאר אראל את השיפוצים המקיפים והבדיקות שנעשו לצוללת לאחר רכישתה מן הצי הבריטי, את הצוות המיומן שאייש אותה, את ההחלטות שהתקבלו בחיל הים לגבי אופן השיט ואת נוהלי הדיווח על מצבה ומקום המצאה.
אראל סיפר ששמונה שעות לאחר הקשר התקין האחרון עם הצוללת החלו החיפושים אחריה. הוא דיווח שאמנם כמה שעות לאחר תחילת החיפושים הגיע מברק התקשרות נוסף מ"דקר" אך זה נקטע באמצע, ברגע שבו ההתקשרות הייתה צריכה לעבור מקוד בינלאומי לקוד ישראלי. החשד התגבר כאשר למחרת היום, יומיים לאחר הכרזת ההיעדרות, נוצר קשר נוסף שגם הוא נקטע באופן פתאומי באורח דומה.
אראל ציין שמוזר היה בעיניהם שאחרי יומיים של "היעדרות" לא הייתה כל נימת חירום בקריאה של ה"דקר" והוא ציין שהתעורר החשד ש"מישהו אחר קרא לנו במקום 'דקר', אולי כדי להשהות את החיפושים ולהטעות לגבי אזור החיפושים". עם זאת הוציא אראל מכלל אפשרות התנכלות מצרית לצוללת.
מפקד חיל הים דיווח על השתתפותם של הבריטים והאמריקנים בחיפושים אך ציין שהאמריקנים נמנעו מלענות לשאלת הישראלים האם במכשור האלחוט המתוחכם שלהם חשו בתעבורה בלתי רגילה ברשתות הקשר: "אני לא מניח שהאמריקנים יגידו לנו אם הם חושדים חשד כזה...זה יהיה להם מאוד לא נעים להודות שהם יודעים כי מישהו התנקש בצוללת ישראלית, מבלי לומר מה הם עושים בנדון...".
אחר כך תיאר אראל את האופן בו התבצעו החיפושים, המשאבים שהוקצו לחיפוש, הרמזים השונים שנמצאו ותהליך בדיקתם וחלוקת הגזרות בין הישראלים לבין האמריקנים, הבריטים והיוונים. אראל סיפר גם על אותות מצוקה שלדעתו שודרו בוודאות ממצוף המצוקה של "דקר". בתשובה לשאלת השר מרדכי בנטוב על יכולת שרידותם של אנשי הצוות רמז אראל שהסיכויים לכך קלושים לאור העובדה שהצוללת טרם נתגלתה ובשל תנאי השטח באזור שבו קרוב לוודאי נעלמה.
ב-30 בינואר הודיעה מפקדת החיפושים הבריטית בקפריסין כי "הסיכויים למציאתה של הדקר קרובים לאפס", וכי מבצע החיפושים הבינלאומי יסתיים עם שקיעת השמש ביום המחרת. מדינת ישראל הודתה למדינות השותפות לחיפושים. הרמטכ"ל בר-לב שלח מכתב לרמטכ"ל היווני בו הודה לו על על מאמצי הצבא היווני בחיפוש אחר "דקר".
מבצע החיפושים הישראלי נמשך עוד 4 ימים. ב-2 בפברואר דיווח דניאל לאור, הציר הישראלי בנציגות ישראל באנקרה, כי הנספח הצבאי בנציגות פנה למטכ"ל הטורקי וביקש את אישורו לסריקת חלק מן החוף הדרומי של טורקיה על-ידי אניות חיל הים ומטוס של חיל האוויר הישראלי. תשובת הטורקים הייתה שהם מוכנים לערוך חיפושים לפי הנחיות ישראל אך מסרבים לאפשר לישראלים לחפש בעצמם.
במברק נוסף למשרד החוץ העלה לאור הסברים אפשריים לסירובם של הטורקים לאפשר לישראל לחפש את הצוללת בעצמה. בין השאר קבע כי מדובר באזור רגיש שנמצא בין קפריסין וטורקיה, ובו ריכזו הטורקים לאחרונה כוחות לקראת פלישה אפשרית לאי קפריסין בו הייתה קיימת מחלוקת אלימה בין המיעוט הטורקי לרוב היווני. (הפלישה התרחשה לבסוף רק ב-1974). הטורקים אינם מעוניינים שספינות זרות יעברו שם, ולמרות המצב יוצא הדופן אינם רוצים ליצור תקדים במתן היתר מיוחד לישראלים.
ב-28 במאי 1999, למעלה מ-31 שנים לאחר היעלמותה, נמצאו שרידיה של "דקר" על-ידי מערך החיפוש במים עמוקים של חברת נאוטיקוס. השרידים נמצאו בקרקעית הים בעומק 3 ק"מ, על נתיב השיט המתוכנן לחיפה, במרחק של 485 ק"מ מיעדה. מציאתה במקום זה הוכיחה מעל לכל ספק שה"דקר" לא סטתה ממסלולה כפי שנטען ושלא היה מקום לטענות על אופן התנהלותם ושיקול דעתם של מפקד הצוות, יעקב רענן וקציני הצוללת שעתה התברר שלא חרגו מן הפקודות שקיבלו. תעלומת היעלמותה של הצוללת "דקר" הגיעה לסיומה 31 שנים לאחר טביעתה אבל השאלות לגבי סיבות טביעתה נותרו פתוחות עד היום.