בעקבות דוחות פנימיים יזומים שהצביעו על שחיתות במערך הניקיון של רכבת ישראל, נערכו ועדות משמעת ל-9 עובדים, ננקטו כלפיהם הליכים משמעתיים, ושישה מהם פוטרו מעבודתם.
כזכור, לאחר הוראת מנכ"ל הרכבת לחקור את התנהלות מערך הניקיון בחברה ואת החשדות לשחיתות, העלה דוח הביקורת ממצאים לבקרה לקויה ותשלום כספים עודפים לחברת הניקיון ש.ניר.
במהלך החודשים אוקטובר-דצמבר 2012 ביצעה רכבת ישראל בדיקות מקיפות, לרבות סיורים במתחמי הניקיון, על עבודת עובדי מערך התברואה - החל ממנהל מערך התברואה וכלה באחרון מפקחי התברואה. בדיקות החברה העלו תמונה קשה, לפיה עובדי מערך התברואה אינם מבצעים לכאורה את תפקידם כראוי.
כמו כן עלו חשדות לכאורה לביצוע עבירות משמעת חמורות על-ידי כל אחד מ-9 עובדי מערך התברואה, העולים לכדי מעילה באמון, גרימת נזק לרכבת ושימוש לרעה בתפקיד (כהגדרתם בתקנון המשמעת החל בחברה).
לאור החשדות לכאורה לביצוע עבירות משמעת מצד עובדי מערך התברואה - חלקן עבירות אשר עולות לכדי עבירות פליליות, פתחה רכבת ישראל בהליכי משמעת כנגד 9 עובדי תברואה.
לאחר הליך ועדות המשמעת הוחלט על פיטורי 6 עובדים, השעיית שני עובדים ומתן אזהרה לעובד אחד.