סעיף 49ה לחוק מיסוי מקרקעין (שבח ורכישה), התשכ"ג-1976 (להלן: "החוק") נועד למקרים בהם המוכר מבקש למכור שתי דירות מגורים זולות לצורך רכישת דירת מגורים שלישית יקרה יותר.
התנאים לקבלת הפטור ממס שבח לפי סעיף 49ה לחוק, בנוסחו לפני תיקון 76 לחוק, היו כדלקמן: מכירה בפטור ממס שבח של דירה אחרת (להלן: "הדירה הראשונה"), חוץ מהדירה בגינה מבוקש הפטור לפי סעיף 49ה, וזאת ב-12 החודשים שקדו למכירה הנוכחית; שווי הדירה הראשונה ושווי הדירה הנמכרת לא עלה על תקרה מסוימת (1,986,000 ש"ח, נכון לשנת 2013); המוכר רכש בשנה שלפני מכירת הדירה הנוכחית או ירכוש בשנה לאחר מכירתה, דירה אחרת בסכום השווה ל-3/4 לפחות מסכום השווי של שתי הדירות (הראשונה והנוכחית).
בדרך כלל, אדם שמכר דירת מגורים בפטור ממס שבח לפי סעיף 49ב(1) לחוק (פטור אחת לארבע שנים), יכול היה למכור דירה נוספת, אף אם טרם חלפו 4 שנים מהמכירה הקודמת הפטורה, אם עמד בתנאי סעיף 49ה לחוק.
בתיקון מס' 76 לחוק שונו תנאי הפטור לפי סעיף 49ה לחוק. בעוד שלפני התיקון, הפטור ממס שבח לפי סעיף 49ה ניתן כפטור נוסף לאחר השימוש בפטור לפי סעיף 49ב(1), לאחר התיקון, ניתן הפטור לפי סעיף 49ה כפטור הראשון בסדרת הפטורים, ואילו הפטור השני הוא הפטור הרגיל לפי סעיף 49ב(2) לחוק בנוסחו החדש. ואלו התנאים שקובע סעיף 49ה בנוסחו החדש: במועד מכירת הדירה הנוכחית (לפי סעיף 49ה), יש בבעלות המוכר דירה אחת נוספת בלבד; הדירה הנוספת נמכרה בפטור ממס שבח בתוך 12 חודשים ממכירה הדירה הנוכחית; סכום השווי של הדירה הנוכחית והדירה הנוספת אינו עולה על תקרה מסוימת הקבועה בחוק; המוכר רכש בשנה שלפני מכירת הדירה הנוספת או ירכוש בשנה שלאחר המכירה, דירת מגורים אחרת, בסכום השווה ל-3/4 משווי שתי הדירות (הנוכחית והנוספת).
כלומר, הפטור הראשון בסדרת הפטורים הוא הפטור ממס שבח לפי סעיף 49ה לחוק, אולם ניתן למכור בפטור נוסף ממס שבח, בתוך טווח של שנה, דירה נוספת שהיתה בבעלות המוכר בזמן המכירה הראשונה. הפטור ממס שבח במכירת הדירה הנוספת יינתן לפי סעיף 49ב(2) לחוק בנוסחו לאחר תיקון 76, המאפשר קבלת פטור מלא ממס שבח למוכר שהדירה הנמכרת היא דירתו היחידה, וזאת עד לתקרת שווי של 4.5 מש"ח.
ברם, לעניין סעיף 49ב(2) נקבעה בחוק ההסדרים הוראת מעבר שתחולתה על מכירת דירות מזכות בין התאריכים 1.1.14 ועד 31.12.17. הוראת המעבר קובעת, כי במכירת דירת מגורים מזכה בתקופת המעבר, לא יחול הפטור ממס שבח לפי סעיף 49ב(2) לחוק, כנוסחו בתיקון 76, על מי שביום המעבר (1.1.14) היו לו יותר מדירת מגורים אחת. הוראה זו מתנגשת עם אחד מתנאיו של סעיף 49ה בנוסחו לאחר תיקון 76, הקובע כי במועד מכירת הדירה הראשונה, במסגרתה מתבקש הפטור לפי סעיף 49ה לחוק, יש בבעלות המוכר דירת מגורים נוספת אחת בלבד. תנאי זה מניח, כי אדם נכנס לתקופת המעבר כשבבעלותו שתי דירות. אם כך, כיצד יוכל אותו אדם למכור את הדירה הנוספת בפטור ממס שבח לפי סעיף 49ב(2) לחוק כאשר הוראת המעבר אינה מאפשרת שימוש בפטור זה לאדם אשר נכנס לתקופת המעבר כשבבלותו שתי דירות?
בהוראת ביצוע 5/2013 מיום 26.12.13, העוסקת ברפורמה במיסוי דירות מגורים, נכתב בהקשר לסעיף 49ה כדלקמן:
"הפטור שלפי סעיף 49ה יינתן רק כאשר בבעלות המוכר שתי דירות בלבד (למעט אם נרכשה הדירה החלופית טרם מכירת מי מהדירות הישנות). כך במכירת הדירה הראשונה יחול הפטור לפי סעיף 49ה לחוק ומכירת הדירה השנייה תהיה זכאית לפטור ממס לפי סעיף 49ב(2) לחוק."
אין בהוראת הביצוע התייחסות להתנגשות המתוארת לעיל בין הוראות סעיף 49ה לבין הוראת המעבר ואין כל הסתייגות לעניין תחולתו של סעיף 49ה לחוק. לכאורה, נראה כי הוראות סעיף 49ה, אשר לא סויגו כאמור, עשויות לגבור על הוראות המעבר, שהן הוראות זמניות. יחד עם זאת, רשות המיסים הביעה את עמדתה, באופן לא רשמי, כי במקרים בהם אדם נכנס לתקופת המעבר כשבבעלותו שתי דירות מגורים, הוא לא יוכל לעשות שימוש בפטור לפי סעיף 49ה לחוק. לפיכך, ועד שתתפרסם הוראה רשמית בנושא, מומלץ לעשות שימוש זהיר בסעיף 49ה לחוק בתקופת המעבר.