117 מיליון שקל מס רכישה - זהו סכום מס הרכישה שדורשת רשות המסים מחברת שפיר הנדסה הציבורית, בגין זכויותיה בפרויקט בניית החלק הצפוני בכביש 6.
שפיר הנדסה פועלת בתחום הבנייה והתשתיות ומחלקת את פעילותה ל-4 מגזרים - ייצור ואספקת חומרי גלם שונים לענף הבנייה (תעשיה), הקמת תשתיות ומבנים (תשתיות), הקמת והפעלת פרויקטים רחבי היקף (זכיינות) וייזום נדל"ן למגורים. לחברה יש גם נכסי נדל"ן להשכרה, בהיקף מצומצם.
מחלוקת המס הנוכחית של החברה נסובה סביב זכויותיה של החברה בפרויקט הארכת כביש 6 צפונה, המתבצע בניהול שפיר הנדסה ובתקציב של 2.5 מיליארד שקל. הקטע החדש צפוי להיפתח בסוף 2018, ואורכו יעמוד על 22 ק"מ. לאורך הקטע יהיו מנהרות באורך כולל של 10 קילומטרים, 5 מחלפים ו-9 גשרים באורך כולל של 4.5 קילומטרים.
בין רשות המסים לשפיר הנדסה התגלעה מחלוקת סביב מס הרכישה שעל החברה לשלם בקשר לפרויקט. על רקע ניהול הפרויקט הוציאה רשות המסים שתי שומות מס רכישה לחברת בת בשליטת החברה - חברת שפיר הנדסה חוצה צפון, שהנה הזכיין של הפרויקט. הראשונה, נטען, בסכום של 7 מיליון שקל, על בסיס החלטה מקדמית (פרה-רולינג) שניתן לחברה בטרם זכייתה במכרז להרחבת כביש 6; והשנייה, שומה חלופית, בסכום של 117 מיליון שקל שהוצאה לחברה על בסיס הטענה של רשות המסים, כפי שהובהרה בנימוקי השומה, כי הענקת זכות להשתמש בקרקע למטרה של הקמת כביש, הפעלתו ותחזוקתו - במסגרת פרויקטים ממשלתיים במימון פרטי מסוג transfer, operaate, build - היא בגדר זכות במקרקעין החייבת במס. הרשות אף עדכנה את שווי הפרויקט כולו לצרכי המס, והעמידה את סכום המס כאמור על סך של 117 מיליון שקל.
על קביעות אלה השיגה החברה בפני מנהל מס שבח מקרקעין בחיפה, אך זה דחה את השגתה על השומה. לטענת החברה, עמדת רשות המסים מנוגדת לקביעות הרשות שניתנו בעניין הפרויקט במסגרת האישור המקדמי (פרה-רולינג) שניתן לחברה במסגרת ההליך המכרזי, ובכוונתה להגיש עררר על החלטה זו לבית המשפט המחוזי.
בהודעה שפרסמה שפיר הנדסה הבוקר (ג') לבורסה, צוין כי "במועד זה, בטרם מיצוי ההליך המשפטי על-ידי החברה-הבת, אין באפשרותה של החברה להעריך את הסיכוי שתתקבל עמדת הרשות, או להעריך את ההשלכות של קבלת עמדת הרשות על הפרויקט או על החברה".