לפסק הדין של השופט אהרון מקובר, שלפיו לא יהיו לחברת יכין-חקל זכויות עודפות בהליך הפשרת הקרקע החקלאית ובפיצוי שתקבל בגין השבתה למדינה, יש השלכות עקרוניות ומעשיות בתחום הרגיש ביותר של ניהול קרקעות המדינה: מהם הכללים שלפיהם מפצים חוכרים חקלאיים כשהמדינה מבקשת להחזיר לה קרקעות חקלאיות, בעיקר לצורכי בנייה למגורים.
ברמה העקרונית מדובר ככל הנראה בקיבוע הסופי של ביטול ההטבות המיוחדות שלהן זכה הסקטור החקלאי בתהליך הפיצוי בגין החזרת קרקע למדינה, ולמעשה מדובר בסיומו של קרב מאסף שמנהל הסקטור נגד כללי המשחק החלים כיום.
מעשית, מדובר באופציה חדשה לתוספת משמעותית של דירות בגוש דן על חשבון פרדס יכין-חקל בגבול תל-אביב-בני-ברק: 2,200 דירות בבני-ברק, שבה יש אנשים שגרים בחדרים במרתפים והיא משוועת לתוספת בנייה; ו-4,000 דירות באזור קריית עתידים, תוכנית המקודמת על-ידי עיריית תל-אביב, ובה תקווה סוף סוף לכמות משמעותית של דיור בר-השגה בלב אזור הביקוש. יש ליכין-חקל קרקעות במקומות נוספים בארץ, אולם בהם התוצאות פחות דרמטיות.
המהפך הגדול ביחס לקרקע חקלאית התרחש בשנת 2002, בפסק דין הידוע כפסק דין הקשת המזרחית. בית המשפט העליון קיבל את העתירות נגד החלטות הפיצוי הנדיבות לחקלאים, שהוענקו להם במסגרת החלטות מועצת מקרקעי ישראל 717, 727 ו-737 ("החלטות הבואינגים"). בית המשפט העליון הכניס לשיח הציבורי את המושג "צדק חלוקתי", ופסל את המבנה של הפיצוי לחקלאים, שהתבסס על אחוזי פיצוי מופרזים שנגזרו מהשווי של הקרקע לאחר שינוי ייעודה. מעתה, כך נקבע, הפיצוי יהיה אחיד בכל הארץ, על-פי החלטות מועצת מקרקעי ישראל, ובלתי קשור לשווי הקרקע אחרי שינוי ייעודה.
תזכורת: פרשת יכין-חקל נחשפה בתחקיר "גלובס" בשנת 2004. סמי שמעון, שרכש את חברת יכין-חקל הכושלת וסייע בכך למדינה ולעובדי החברה, טען כי שר השיכון אריאל שרון, כשהיה ממונה על רשות מקרקעי ישראל (רמ"י), הבטיח לו ב-1991 תנאים מפליגים בחוזי החכירה של קרקעות יכין-חקל לכ-13 אלף דונם במקומות משובחים במרכז הארץ. שרון, טען שמעון, הבטיח לו הארכת חוזי חכירה, שבהם תישמר לו לתקופה ארוכה הזכות החשובה באמת: זכות היזמות על כל קרקע חקלאית שתופשר לצורכי מגורים או מסחר, זכות שמשמעותה הכנסות של מיליארדים. הבעיה הייתה, כפי שנחשף בתחקיר, שלטענה זו לא היו סימוכין בכתב, והתעורר ספק רב אם הייתה זו סמכותו של שרון לתת התחייבות שלטונית כזו.
שמעון העסיק את בכירי עורכי הדין בתביעות לממש את ה"הבטחה" של שרון: יגאל ארנון, יעקב נאמן ודובי וייסגלס. בשלבים הראשונים של המגעים נראה היה שברמ"י מוכנים לקנות את הטיעון של שמעון, לא מעט בגלל ההיסוסים לצאת למאבקים מול כוחות גדולים ופרקליטים ידועי שם ובעלי השפעה. אבל בעקבות התחקיר הגיעו הדברים לידיעת משרד המשפטים, והיועץ המשפטי לממשלה מני מזוז הודיע לשר הממונה על רמ"י באותו זמן, אהוד אולמרט, שגם אם שרון הבטיח לשמעון תנאים מיוחדים, הדבר לא היה בסמכותו וההבטחה בטלה. במובן זה, התבזבזו 14 שנים של אפשרויות פיתוח ב-13 אלף הדונם של יכין-חקל ברחבי הארץ, עד שבית המשפט העליון אישש את החלטתו של מזוז.
החקלאים, שהוכו בהלם מפסק דין הקשת המזרחית, חשבו שלפחות בחוזי חכירה היסטוריים של הקיבוצים הוותיקים, חוזים דומים לאלה של יכין-חקל, הם יוכלו לשמור זכויות עודפות. הם נכנסו למגננה. למעשה, הטענה של סמי שמעון על "ההבטחה של אריק" שימשה אותם במה שהתפתח להיות קרב מאסף של החקלאים, דהיינו: לא לשתף פעולה ולהתנגד ככל האפשר לדרישות להפשרת קרקע חקלאית, מתוך תקווה שהלחץ לבנייה בהיקפים גדולים יגרום לפריצת החלטת בג"ץ בענין הקשת המזרחית, ותינתן תוספת פיצויים עבור קרקע חקלאית.
במאבק בין רמ"י לחקלאים נפתח שלב חדש, בהשפעתו של שר האוצר משה כחלון ובהובלת מנכ"ל רמי עדיאל שמרון והיועץ המשפטי של רמ"י לשעבר ינקי קוינט והנוכחית מניה לייקין: גיבוש כללים נוקשים יותר לתהליך השבת קרקע חקלאית למדינה, באופן שמאפשר לעשות את מה שנחשב עד כה ל"לא יעלה על הדעת במדינת ישראל" - להפקיע את הקרקע מהחקלאי ורק אחר כך לדבר איתו על הפיצוי. לעומת זה נקבע, שאם החקלאי ישתף פעולה, ישולמו לו תוספות שונות, עד גובה מקסימלי של 50-60 אלף שקל לדונם (כשמדובר במטעים).
ארגוני החקלאים מוחים על התהליכים הללו, בעיקר כשהם ננקטים על-ידי הוועדה למתחמים מועדפים לדיור (ותמ"ל), ומאיימים ב"קץ החקלאות וסוף הציונות". אבל, בסדרה של מאבקים משפטיים סביב שאלת הפיצוי לחקלאים - למשל מול חברת מהדרין, כפר ורבורג, הדרי החוף, פרדס אור יהודה, ניר דוד, ופרדס אשקלון - רמ"י זכתה בניצחונות משפטיים בשאלות הפיצוי בגין קרקע חקלאית. המדיניות הנחושה הוכיחה את עצמה.
ההחלטה בפרשת יכין-חקל היא ככל הנראה אקורד סיום בוויכוח על כללי הפשרת קרקע חקלאית.