המשרד האחראי מטעם הממשלה על ניהול התשתית התחבורתית במדינה, ביבשה באוויר ובים, כולל המלחמה בתאונות הדרכים. המשרד פועל באמצעות אגפים, מינהלים, רשויות וחברות ממשלתיות ביניהם מינהל היבשה הכולל את המפקחים על התעבורה, אגף תשתיות ופיתוח, אגף התחבורה הציבורית, אגף תכנון תחבורתי, אגף תנועה הכולל אחריות על תקינת הרכבים, רישוי נהגים ורכבים, יצוא ויבוא כלי רכב, רשות התעופה האזרחית מפקחת ומסדירה את תחום התעופה האווירית בישראל ורשות הספנות והנמלים אחראית של חברות הספנות ופיקוח על נמלי הים. למשרד מסונפים גם השירות המטאורולוגי הישראלי ואגף הביטחון. על תחום הבטיחות בדרכים אחראית משנת 1997 הרשות הלאומית לבטיחות בדרכים הפועלת כרשות עצמאית סטטוטורית הכפופה ישירות לשר התחבורה והבטיחות בדרכים ומהווה זרועה מקבילה למשרד בתחום הבטיחות בדרכים.