טענות במשרדי הפנים ואיכות הסביבה: הרכבת מתעלמת מההנחיות לתכנון חלופת A1

לדבריהם, החומר שהציגה רכבת ישראל מעיד על הליכה של כמה צעדים אחורה. "הרכבת מתעלמת מהוראות והנחיות לתכנון שקיבלה ממשרד הפנים והמשרד לאיכות הסביבה שעמלו במשך שנתיים להכינם". עוד ציינו, כי הרכבת לא פועלת בשקיפות וכל התקלות ואי ההתאמות מתגלות במקרה.

אחת הטענות המרכזיות נגד התכנון היא, שרכבת ישראל לא רואה בחלופה A1 כמסילה המחברת בין ירושלים לתל-אביב אלא מתייחסת בשלב זה רק לקו תל-אביב מודיעין דרך נתב"ג. "האינטרס העומד לנגד עיני הרכבת הוא אך ורק מודיעין, ולכן החיבור לירושלים נראית בשלב הזה כמשימה שולית וכך גם נראה התכנון".

טענה נוספת היא, כי הדרך בה בחרה הרכבת לקדם את הפרויקט תיצור בעיה קשה של שפכי עפר, דבר שיכול היה להימנע באמצעות תכנון מושכל. חלק מהתוואי מודיעין-ירושלים אמור להיות במינהרות. לרכבת אין בשלב הזה פתרון לשפכי העפר כתוצאה מהחציבה. לו היו מקדמים במקביל את כל התוואי, יכלו שפכי העפר לשמש לעבודות הסלילה בתוואי תל-אביב מודיעין.

רכבת ישראל מקדמת את חלופת A1 מתל אביב לירושלים דרך נתב"ג ומודיעין. מדובר בקו שעלותו נחשבת לגבוהה יחסית ועומדת על 4 מיליארד שקל. רכבת ישראל התחייבה בעבר לסיים את העבודות עד 2009, כיום מדברים ברכבת על סיום הפרויקט בשנת 2012. סמנכ"ל תשתיות ברכבת ישראל, יוסי מור :"יש הרבה אינטרסנטים, שמנסים לחבל בעבודת התיכנון. רכבת ישראל הכינה תוכניות מפורטות שנמצאות במוסדות התכנון ואת רוב עיקרי התוכנית ועדת ההיגוי אישרה. הרכבת רואה בחיבור ירושלים למרכז כאחד הפרויקטים היותר חשובים, ולכן הוחלט לקדם את התוכנית בוועדת התשתיות הלאומיות כדי לא להתעכב במוסדות התכנון".