המצוד אחר המוטציות: התהליך המורכב והיקר של זיהוי הווריאנטים בישראל

מספרי המחוסנים עולים ומספרי המאומתים והחולים קשה יורדים, אך עדיין ישנו אלמנט אחד מפחיד של אי ודאות - המוטציות. מתי שהוא עלולה להגיע זו שחומקת לגמרי מחיסון, ועלינו להיות מוכנים לכך, לפני שנגלה אותה מפושטת במדינה כולה.

היום בריטניה היא המובילה בכך, ולכן היא גילתה את "המוטציה הבריטית" לפני כולם, אף שכבר הייתה בשלב זה מפושטת במדינות רבות. ההבנה כי ישנה במדינה מוטציה יותר מדבקת, שכנעה את הממשלה הבריטית לסגור במהירות ובנחישות רבה יותר את הציבור בבית למרות החיסונים המתקרבים. המידע מבריטניה הגיע גם לישראל, וכשראינו ש-70% מהחולים נדבקו במוטציה הבריטית, אפשר היה להבין מדוע קשה יותר הפעם להשתלט עליה מאשר בסגרים קודמים.

כך התגלתה גם המוטציה הדרום אפריקאית, ואפשרה לדרום אפריקה לא לבחור בחיסון של אסטרהזנקה שפחות יעיל נגדה, אלא להתמקד בחיסונים אחרים. כל מדינה תצטרך בשנים הקרובות להיות עם היד על הדופק לגבי מוטציות קורונה שונות המגיעות מבחוץ, או מתפתחות בתוך גבולותיה.

מי שאחראי בישראל על ציד המוטציות זו המעבדה הגנטית לנגיפים בהובלת פרופ' אלה מנדלסון. ריצוף של נגיף כדי לגלות בו מוטציות זו עדיין משימה לא זולה ולא פשוטה, ולכן יש לגבש אסטרטגיה כדי להחליט את מי לבדוק - ומתי.

"ישנם שני קריטריונים להחליט איזו דגימה כדאי לרצף", מסבירים גורמים ממשרד הבריאות. "קודם כל - כמות החומר בדגימה. רק דגימות שמכילות כמות מסוימת של חומר יכולות לשמש לריצוף גנומי. ומתוך אלה אנחנו בוחרים לפי שני קריטריונים אפידמיולוגיים.

"האחד הוא קבוצות התעדוף: חוזרים מחו"ל שמתגלים מחיוביים - המטרה היא לרצף את כל החוזרים שמתגלים כחיוביים. קריטריון נוסף הוא מחוסנים שמתגלים כחיוביים שבעה ימים לאחר קבלת החיסון השני". במקרה הזה המטרה היא לראות האם הם הפכו חיוביים בגלל מוטציה עמידה לחיסון (האפשרויות האחרות הן מאפיין כלשהו במערכת החיסון של הנדבק או חשיפה לכמות גבוהה במיוחד של וירוס). תעדוף נוסף יקבלו מי שנבדקו בשנית בהפרש של שלושה חודשים מההדבקה הקודמת.

הריצוף מבוצע גם לחולים קשים מתחת לגיל 50 ללא מחלות רקע, כדי לזהות מראש מוטציה קטלנית יותר. בקריטריון זה יתועדפו תחילה דגימות של ילדים ונוער עד גיל 19 ויולדות. קריטריון אחרון הוא תחלואה מקומית המתפשטת במהירות בתוך מוסדות.

במקביל, נעשית דגימה של מדגם מייצג מכלל האוכלוסיה, מתוך הדגימות שמגיעות לקופות החולים.

הטכנולוגיה בה משתמש המכון נותנת רצף מלא של כל הנגיף. הבדיקה הנפוצה בישראל ובעולם היא של חברת אילומינה האמריקאית. ישנה גם אפשרות לבצע ריצוף חלקי, המתמקד בחלבוני הנגיף בהם נמצאות רוב המוטציות החשובות. אם אנחנו מחפשים מוטציה מסוימת, אפשר לכוון את ה-PCR לבדוק זאת, ולקבוע באופן משוער שמדובר בוריאנט כזה או אחר.

כמה זמן לוקח לכם לרצף דגימה?
"הריצוף הוא תהליך מורכב ועדיין אינו ממוחשב. קודם כל יש לבצע את ה-PCR של כל דגימה בנפרד ואז לתייג אותה ידנית בתגית שמזהה אותה, ובסוף להכין ספריה של דגימות להרצה במכשיר הריצוף. כל צעד כזה מבוצע ידנית או באמצעות רובוטים יעודיים, ולכן הריצוף יכול לארוך בין יום לבין יומיים שלושה. העיבוד מבוצע במחשבים עוצמתיים משום שגם הריצוף של וירוס יחיד מכיל כמויות גדולות מאוד של מידע".

במעבדה מחזיקים את ה"עץ" של המוטציות אשר מראה כיצד התפתחו הווריאנטים השונים זה מזה לאורך זמן. מידע זה עוזר להבין את דפוסי ההתפשטות של המגפה.

כמה כל זה עולה?
"עלות החומרים היא כ-2.5 מיליון שקל בחודש עבור ריצוף 6,000 בדיקות באותו חודש. כאשר מוסיפים לכך את העלות של הרובוטים ומכשירי הריצוף וכוח האדם, מגיעים לכ-4 מיליון שקל בחודש.

"אבל ההשקעה הזו היא לא רק בקורונה. ברור שריצוף גנטי ימשיך להיות צורך חשוב ביותר לצרכים אפידמיולוגיים בעתיד. למעשה, במעבדות לבריאות הציבור כבר הוקמו בשנים האחרונות יכולות לריצוף גנומי של גורמי מחלה שונים (נגיפים, חיידקים כמו שחפת, וגורמי מחלה אחרים שונים). כיום מגדילים את היכולות ובוחנים טכנולוגיות שונות כי העולם הולך לכיוון זה".

אילו מוטציות כבר יש לנו? יש כבר וריאנט ישראלי.
"עד היום נמצאו בארץ הווריאנט הבריטי והווריאנט הדרום אפריקאי. האפשרות להתפתחות וריאנט בארץ קיימת, אבל עוד לא מצאו מוטציה עם משמעות קלינית (מוטציה אלימה יותר) או אפידמיולוגית (מוטציה מדבקת יותר).

"לנגיף הקורונה יש יכולת מאד משמעותית ליצר מוטציות, ועקב שיעורי התחלואה הגבוהים יש לו גם את ההזדמנות לעבור את השינויים הללו שקורים בזמן שהנגיף מתרבה בגוף. מוטציות שתוכלנה לברוח מהחיסון הן בהחלט סכנה, והחברות שפיתחו את החיסונים אמורות לתת מענה לשינויים כאלה.

"בשלב הראשון מנת חיסון נוספת תוכל לפתור את הבעיה ובשלב השני יהיה צורך בחיסון קצת שונה, ממש כמו שקורה היום בשפעת העונתית. בשיעורי התחסנות גבוהים באוכלוסיה, לחיסון יש אפשרות להשפיע גם על היווצרות מוטציות. אם רוב האוכלוסיה מחוסנת ומגיעים לחסינות עדר - הסיכון לכך פוחת".